推进人才培养模式改革
为适应经济建设和科学技术的发展对人才需求的多样化、多层次化、多规格化的要求，探索并建立更具生机活力和科学规范的教学管理机制，更好地实施因材施教，学校全面实行学分制改革，实施3-6年的弹性学制；以“培养基础宽厚，知识、能力、素质协调发展的高级专门人才，造就一大批具有国际视野，求真务实，能开拓创新、引领发展的工程精英和社会中坚”为总体目标定位，本着“学生中心、学院主体、强化实践、创新融入、行业对标、国际接轨”的基本要求不断优化人才培养计划，并强调计划柔性设计，增强学生的适应性，注重学生个性发展和能力的培养，建立了通识教育课、学科教育课、专业教育课、个性发展选修课的课程体系；提出通过“通识教育+学科教育+专业教育+个性发展”模式，构建人文基础、科学基础、工程技术基础以及基本技能等有机结合的大基础教育，并以此为基础通过实行课程分层次教学、选课制、选专业、副修专业以及灵活设置专业方向和选修课等，为各类学生多样化发展创造条件。
教学管理——选专业与转专业
学校在机械类、兵器类、化工与制药类、电子信息类、计算机类、经济学类、工商管理类、能源动力类、设计学类、自动化类、电气类、材料类等专业实施大类招生。学生入校1-2年后通过对专业的了解，选择具体专业。
学校在每年的春季学期开展学生调整专业工作，符合条件的大学一年级学生可以申请在全校范围内调整专业，由学院组成专家组负责对学生进行综合考核。学校每年都有数百名学生在高考后拥有二次选择专业的机会。
工程人才——卓越工程师教育培养计划
“卓越工程师教育培养计划”是教育部于2010年6月启动的一项重大改革项目，也是促进我国由工程教育大国迈向工程教育强国的重大举措。2011年9月，南京理工大学被批准为教育部第二批试点高校之一。
学校依托兵器与机械装备、化工材料和电子与信息等三大优势学科群，面向20个省部级品牌特色工科专业学生，以“培养基础宽厚，知识、能力、素质协调发展的高级专门人才和工程精英”为目标，借鉴国际高等工程教育的成功经验，重构并实施“2+2”模式的“卓越计划”人才培养方案，依托56个国家级、校级工程实践教育中心，施行校企双导师联合指导企业课程、《科研训练》、毕业实习和毕业设计等，重点强化学生工程实践与创新能力，塑造其紧贴产业发展方向的工程综合素质。自首批2012级本科生起，迄今共有六届、1962名本科生进入20个试点专业学习；学生还可获得学校颁发的“卓越工程师教育培养计划”荣誉证书。中兴通讯股份有限公司、南京中电熊猫液晶显示科技有限公司、亚信科技（南京）有限公司等多家企业反馈：“卓越计划”学生“专业理论知识掌握扎实、动手实践能力强”，愿意持续加强校企协同育人。
开展“班导师”工作制度
学校在全校范围内实施班导师制度。担任班导师的教师必须有较强的事业心和责任感，为人师表、乐于奉献，具备相关专业背景，熟悉专业人才培养方案，并具有高级职称或博士学位。班导师在学生的四年学习过程中对学生进行专业思想、学习目的、学习态度和学习方法等方面的教育；同时指导学生科学制定学习计划，选修课程等。班导师实则成为学生的学业规划和职业生涯发展的重要领路人。
复合型人才——副修双学位
学有余力的普通本科生在主修本科专业外可以在知识产权、市场营销、会计、英语、计算机科学与技术、公共事业管理、人工智能七个专业进行副修学习，修满30学分（不含毕业论文、毕业设计）可以获得副修专业成绩证明，修满副修专业要求的所有学分，成绩合格后可以获得副修双学位证书。学生副修双学位，增强了跨学科的研究能力、丰富了自身素养，拓宽了就业面向，提高了社会适应能力。
“百千万计划”——学生自主科研
2008年，我校获批为“国家大学生创新性实验计划”学校，开始面向本科生开设“科研计划”选修实践环节；2012年，学校正式启动实施了本科生科研训练“百千万”计划，《科研训练》成为必修环节，逐步形成了“国家级-江苏省级-校重点-校普通”四级项目体系，全面覆盖所有在校本科生。学生团队可享受最高2万元/项的研究经费资助，在导师指导下，根据个人兴趣，任选并合作完成“教师在研课题”、“协同育人课题”、“学科竞赛课题”、“‘创客’自拟课题”和“实践思政课题”等5大类选题的科研训练项目，有效提升创新与科研能力。近年来，学生成果突出，尤其在2018年第十一届全国大学生创新创业年会中，共获得“优秀论文”、“最佳创意项目”和“我最喜爱的项目”等3个奖项，获奖数量居全国高校第二名。化工学院2015级本科生于梦诗参加了国家级科研训练《金属Ti和Al的阳极氧化过程和形成机理研究》，以第一作者共发表SCI论文7篇（总影响因子27.12），其中一篇论文在2018年进入ESI全球前1%高被引论文，获得2018年度工信部创新创业特等奖学金，保送至北京大学直博。
“第二成绩单”——激励学生全面发展
学校实施“本科生素质发展学分和第二成绩单制度”，将德智体美劳的全面要求延伸到第二课堂，促进大学生坚定理想信念、提高以思想道德修养、创新创业精神与能力为核心的综合素质。学生在学校认可的学科竞赛、体育比赛、文化艺术比赛中获奖，参与就业创业实践及比赛获奖，参与社会实践与志愿服务活动及获奖，选修创新性开放实验，论文发表、著作出版、专利授权、软件著作权登记等，均可按照认定规则记载为素质发展学时，激励学生主动拓展综合素质、全面发展。
对外交流及联合培养
我校已与美、英、法、德、日、俄等几十个国家和地区的100多所高等院校、科研院所建立了良好的合作关系，包括美国卡内基梅隆大学、澳大利亚国立大学、德国慕尼黑工业大学、俄罗斯莫斯科鲍曼国立技术大学、日本东京工业大学、英国考文垂大学等。学校每年选派学生赴美、英、法、德、日、韩等国攻读学位或短期进修，与多所海外高校开展了“2+2”、“3+1”模式本科生联合培养项目、“1+1”模式研究生联合培养项目以及学生海外学习体验活动等。学校的国家公派优秀本科生国际交流项目和江苏高校学生境外学习政府奖学金项目每年将选派近百名本科生赴外交流，交流学生将获得国家留学基金委、江苏省政府和学校的资助。同时我校每年邀请数百名海外知名教授学者来校讲学或开展科研合作，提高了学校的国际化水平。